Arrêts de travail et ALD : un grand changement dès le 15 octobre 2026

Un décret paru en septembre 2026 change les règles d'indemnisation pour les affections de longue durée (ALD). La CFDT Education Formation Recherche Publiques s'oppose à ces changements et vous donne ses conseils si vous êtes concerné.e.

Un décret paru au Journal officiel du 18 septembre 2026 (décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026) réduit de 3 ans à 1 an la durée maximale d’indemnisation des arrêts de travail liés à certaines affections de longue durée (ALD) dites « non exonérantes ».

Ce décret intervient après le plafonnement de la durée des arrêts de travail et le durcissement des contrôles.

Ce qui change

  • Maintien de la durée d’indemnisation de 3 ans uniquement si l’ALD ouvre droit à la prise en charge à 100 % des soins (suppression du ticket modérateur). Cela concerne les pathologiques suivantes : cancer, diabète, maladies cardio-vasculaires ou neurologiques graves, etc.

  • Pour les ALD non exonérantes, la durée maximale d’indemnités journalières tombe à 1 an.

  • Entrée en vigueur : les arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026, ainsi que les arrêts en cours atteignant 6 mois à partir de cette date. Un régime transitoire préserve les 3 ans pour les personnes déjà suivies avant le 15 octobre.

Quelles affections sont visées ?

Deux affections concentrent l’essentiel des cas, selon le rapport « Charges et produits pour 2026 » de l’Assurance maladie :

  • Dépression légère (non listée parmi les 30 ALD exonérantes) : 33 % des ALD non exonérantes en cause ;

  • Troubles musculo-squelettiques (TMS) — tendinites, lombalgies chroniques, canal carpien… : 32 %.

Ce sont précisément les pathologies les plus liées aux conditions de travail. Plutôt que de réduire l’indemnisation des malades, la CFDT Éducation Formation Recherche Publiques demande une vraie médecine du travail et de la prévention dans l’Éducation nationale !

Autres durcissements à connaître

  • Depuis le 19 septembre 2026, le même décret élargit les sanctions financières. Cela concerne les assuré.e.s obtenant un arrêt de travail de manière injustifiée (fraude caractérisée, pas les arrêts légitimes).

  • Après épuisement de l’indemnisation, il faudra travailler au moins 1 an avant de bénéficier d’une nouvelle période d’indemnisation pour la même affection.

  • Depuis le  1ᵉʳ septembre 2026 (décret du 12 juin 2026), la durée d’un arrêt de travail est plafonnée à 31 jours pour une première prescription, et à 62 jours pour chaque prolongation. Les personnes en affection de longue durée ne sont pas dispensées de ce plafond : votre médecin devra, lui aussi, justifier chaque dépassement au regard des recommandations de la Haute Autorité de santé.

Nos conseils pratiques

  1. Vérifiez auprès de votre médecin ou de votre caisse si votre protocole de soins ouvre droit aux 100 %. C’est ce qui détermine une indemnisation de 1 ou 3 ans.

  2. En cas de coupure anticipée, anticipez avec votre employeur ou votre médecin du travail. Envisagez visite de pré-reprise, aménagement de poste, mi-temps thérapeutique…